M. Khais Prayoga menyelesaikan studi jenjang sarjana (S1) di program Studi Pemuliaan Tanaman, Fakultas Pertanian, Universitas Padjadjaran. Kemudian memperoleh gelar magister (S2) di Bidang Pemuliaan Tanaman, Fakultas Pertanian, Universitas Padjadjaran, dan menyandang gelar doktor (S3) untuk bidang pemuliaan tanaman dari Fakultas Pertanian, Universitas Padjadjaran.
Pada tahun 2018 M. Khais Prayoga mengikuti program short course: Research design training di Centre for Rural Development (SLE), Humboldt Universität zü Berlin, Jerman.
